Trước thế kỷ XIX, toàn bộ hoạt động giáo dục tại Madagascar là không chính thức và thường phục vụ việc dạy các kỹ năng thực hành cũng như các giá trị xã hội và văn hóa, bao gồm tôn trọng tổ tiên và trưởng lão.[17] Trường học kiểu Âu chính thức đầu tiên được thành lập tại Toamasina vào năm 1818 bởi các thành viên của Hội Truyền giáo Luân Đôn (LMS). Quốc vương Radama I mời LMS mở rộng các trường học của họ trên khắp Imerina để dạy chữ và toán ở mức cơ bản cho các trẻ em quý tộc. Các trường học bị Ranavalona I đóng cửa vào năm 1835[110] song được mở lại và mở rộng trong nhiều thập niên sau khi nữ vương này từ trần. Đến khoảng cuối thế kỷ XIX, Madagascar có hệ thống trường học phát triển và hiện đại nhất trong các quốc gia châu Phi hạ Sahara tiền thuộc địa. Khả năng tiếp cận trường học được mở rộng tại các khu vực duyên hải trong thời kỳ thuộc địa, trọng tâm của chương trình giảng dạy là tiếng Pháp và các kỹ năng làm việc cơ bản. Dưới thời Đệ Nhất Cộng hòa, giáo dục Madagascar tiếp tục dựa vào các giáo viên người Pháp, và tiếng Pháp là ngôn ngữ giảng dạy, điều này khiến những người muốn đoạt tuyệt hoàn toàn với quyền lực thực dân cũ cảm thấy khó chịu.[17] Do đó, dưới thời Đệ Nhị Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa, các giáo viên người Pháp và các quốc gia khác bị trục xuất, tiếng Malagasy được tuyên bố là ngôn ngữ giảng dạy và một lực lượng lớn những người Madagascar trẻ tuổi được đào tạo nhanh chóng để dạy tại các trường học nông thôn xa xôi theo chính sách phục vụ quốc gia hai năm bắt buộc.[111] Chính sách bản địa hóa này diễn ra đồng thời với kinh tế suy sụp nghiêm trọng và chất lượng giáo dục suy giảm đột ngột. Những người được giáo dục trong giai đoạn này thường thiếu thành thạo tiếng Pháp hoặc nhiều môn học khác và phải vật lộn để tìm kiếm việc làm, buộc nhiều người phải làm các công việc lương thấp trên thị trường không chính thức hay là chợ đen, đẩy họ lún sâu vào nghèo đói. Ngoại trừ nhiệm kỳ tổng thống ngắn ngủi của Albert Zafy, từ năm 1992 đến 1996, trong giai đoạn cầm quyền của mình từ 1975 đến 2001, Didier Ratsiraka không thực hiện được tiến bộ đáng kể nào về giáo dục.[112]

Giáo dục được ưu tiên dưới chính quyền của Marc Ravalomanana, và hiện đang miễn phí và bắt buộc đối với trẻ từ 6 đến 13 tuổi.[113] Chu trình tiểu học là 5 năm, tiếp theo là 4 năm sơ trung học và 3 năm cao trung học.[17] Trong nhiệm kỳ đầu tiên của Ravalomanana, hàng nghìn trường tiểu học mới và thêm nhiều phòng học được xây dựng, các tòa nhà cũ được cải tạo, và hàng chục nghìn giáo viên tiểu học mới được tuyển thêm và đào tạo. Học phí tiểu học bị loại bỏ và các bộ đồ dùng gồm các dụng cụ học tập cơ bản được phân phát cho các học sinh tiểu học.[113] Sáng kiến xây dựng trường học của chính phủ bảo đảm có ít nhất một trường tiểu học tại mỗi fokontany (làng) và một trường sơ trung học trong mỗi xã. Có ít nhất một trường cao trung học nằm tại mỗi một trung tâm đô thị lớn.[89] Ba nhánh của đại học công quốc gia nằm tại Antananarivo (thành lập năm 1961), Mahajanga (1977) và Fianarantsoa (1988). Ngoài ra còn có các học viện sư phạm công và một số đại học tư nhân và cao đẳng kỹ thuật.[17]

Do khả năng tiếp cận giáo dục tăng lên, tỷ lệ nhập học tăng gấp đôi từ năm 1996 đến năm 2006. Tuy nhiên, chất lượng giáo dục còn yếu, khiến tỷ lệ lưu ban và bỏ học còn cao.[113] Chính sách giáo dục trong nhiệm kỳ thứ hai của Ravalomanana tập trung vào các vấn đề chất lượng, bao gồm tăng tiêu chuẩn giáo dục tối thiểu đối với tuyển giáo viên tiểu học từ văn bằng BEPC lên văn bằng BAC, và một chương trình cải cách việc giảng dạy của giáo viên từ giảng dạy thuyết giáo truyền thống sang phương thức giảng dạy học sinh là trung tâm nhằm thúc đẩy học sinh học tập và tham gia trong lớp học.[114] Năm 2008, chi tiêu công cho giáo dục chiếm 13,4% tổng chi tiêu của chính phủ và 2,9% GDP. Các lớp học ở tiểu học có tình trạng đông đúc, với tỷ lệ học sinh so với giáo viện là 47:1 vào năm 2008.[115]